Initiiert und finanziert durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) hat sich unter der Leitung des Soziologen Prof. Dr. Dr. h.c. Hans-Peter Blossfeld ein interdisziplinäres Konsortium zur Durchführung der Studie gebildet. Blossfeld leitete das NEPS bis Ende Juli 2012. Der Bamberger Erziehungswissenschaftler Prof. Dr. Hans-Günther Roßbach übernahm die Projektleitung am 1. August 2012.
Seit dem 1. Januar 2014 wird das NEPS im Leibniz-Institut für Bildungsverläufe e.V. (LIfBi) weitergeführt. Nur fünf Jahre nach der Gründung wurde NEPS damit von einem zeitlich befristeten Forschungsprojekt zu einer Infrastruktureinrichtung mit dauerhafter Finanzierung im Rahmen der Bund-Länder-Förderung.
Vom 1. April 2017 bis 31. März 2018 hatte die Soziologin Prof. Dr. Sandra Buchholz die Interimsleitung des NEPS inne, diese übernahm Prof. Dr. Sabine Weinert am 1. April 2018. Zum 1. April 2019 trat Prof. Dr. Cordula Artelt die Nachfolge an, die Leitung hat sie bereits übergangsweise zum 22. Februar übernommen.